Desventajas

-         - Puede tomarse como desventaja, la manera en que puede tomarse la biomasa (los cultivos de maíz, yuca, etc.) ya que sería únicamente destinada para el fin de producir un biocombustible, dejando sin su función inicial al cultivo y con carencia como alimento porque cambiaria su fin alimenticio para ser un cultivo netamente energético sin oportunidad de cambio.

-       -También la destrucción de ecosistemas (bosques , selvas , etc.) para la construcción de plantas para la producción y fabricación de biocombustibles , lo cual es una desventaja totalmente devastadora , debido a que los arboles o estos ecosistemas , son también una parte fundamental para la conversión de la atmosfera , y sin ellos , no tendríamos tantas maneras de tener un ambiente puro y sano de gases malignos y muchas especies que sobreviven en este ecosistema se verían totalmente afectada , por la exterminación de su hábitat.

 - Los altos costos de producción pueden ocasionar, falta de ahorro fiscal, y esto ocasionaría un desequilibro en materia económica, debido a que si se agota el dinero, son pocas las posibilidades de seguir la transformación de biomasa para su producción de biocombustible, a lo que también causaría un alto costo en su comercialización y si es algo aun más costoso de lo habitual, puede tener una baja demanda y pueden presentarse perdidas.